Vytautas Jurgis Bubnys gimė 1932 metų rugsėjo 9 dieną Čiudiškiuose, Prienų valsčiuje, baigė Prienų vidurinę mokyklą. 1953–1957 metais studijavo Vilniaus pedagoginio instituto Lituanistikos fakultete, kur įgijo lietuvių kalbos ir literatūros dėstytojo specialybę.
1957–1964 metais buvo Kauno 9-osios vakarinės pamaininės vidurinės mokyklos direktoriaus pavaduotojas. Nuo 1958 metų – Lietuvos rašytojų sąjungos narys. 1965–1966 metais buvo žurnalo „Moksleivis“ redakcijos vedėjas, 1966–1974 metais vyriausias redaktorius.
Nuo 1981 metų atsidėjo tik kūrybiniam darbui. Aktyviai dalyvavo tautiniame atgimime: 1988 m. buvo Sąjūdžio iniciatyvinės grupės narys, Sąjūdžio Seimo ir tarybos narys, 1992–1996 metais – Seimo narys.
Vytautas Jurgis Bubnys savo kūrybą pradėjo skelbti 1953 metais. Pasak Lietuvos rašytojų sąjungos, jis – vienas produktyviausių ir skaitomiausių prozininkų Lietuvoje, parašęs 44 prozos knygas, tarp jų – 19 romanų. Jo kūrinių išversta į daugiau nei 20 kalbų (rusų, čekų, lenkų, latvių, estų, vokiečių ir kitas), keli kūriniai ekranizuoti.
Pažymima, kad su jo apysaka paaugliams „Arberonas“ (išėjo keli leidimai: 1969, 1972, 2009) užaugo ne viena karta, o iš jos motyvais sukurto kino filmo (scenarijų rašė pats autorius) „Maža išpažintis” frazė „Benai, plaukiam į Nidą“ tapo legendinio muzikos festivalio pavadinimu ir daugeliui žiūrovų užsifiksavo atmintyje visam gyvenimui. Rašytojas parašė scenarijų ir pagal savo romaną „Nesėtų rugių žydėjimas“.
Romanas „Balandžio plastėjime“ 2003 metais autoriui pelnė Baltijos Asamblėjos premiją. V. J. Bubnys buvo apdovanotas ir daugybe kitų premijų, tarp jų Žemaitės literatūrine premija, „Varpų“ literatūrine premija, JAV lietuvių tautinės sąjungos 1-ąja premija ir Gabrielės Petkevičaitės-Bitės literatūrine premija, Vyriausybės kultūros ir meno premija. 1998 metais rašytojui buvo įteiktas LDK Gedimino ordino Karininko kryžius, o 2002 metais – suteiktas Prienų garbės piliečio vardas.